2001年1月，第一次申报国家社科基金项目。

　　2001年4月，市委决定依托市委党校、市行政学院开办厦门市社会主义学院，形成“一校两院”发展格局。市政协副主席庄威、郑兰荪和市委统战部副部长陈富第兼任市社会主义学院副院长。

　　2001年5月，市委决定免去施凤堂校（院）务委员会副主任、常务副校（院）长。

　　2001年7月，施凤堂《加强台资企业党建与推进两岸关系发展研究》、尹彦《社会主义民主理论与实践的历史考察——列宁时期党内民主研究》、姚立新《中国政府管理信息化的发展趋势与政策研究》、尤京文《社会转型时期非政府公共组织的培育和发展》4项科研项目同时获得国家社科基金立项。

　　2001年10月，市委任命市委副书记吴凤章兼任校（院）务委员会主任、校（院）长，陈维钦不再兼任。

　　2002年9月，尹彦的国家社科基金项目《社会主义民主理论与实践的历史考察——列宁时期党内民主研究》研究成果之一《列宁时期的党内民主》，由中共中央党校主办的《思想理论内参》刊发，同时送中央政治局、中央书记处领导参阅。

　　2002年12月10日-13日，开办第一期企业党委书记学习十六大研讨班。

　　2003年2月，时任市委副书记、市委组织部部长于伟国兼任校（院）务委员会主任、校（院）长，吴凤章不再兼任。

　　2003年4月，尹彦的理论文章《联共（布）前期检查与监察制度演变》获得全国党校系统第四届优秀科研成果一等奖。

　　2003年8月，市委统战部副部长陈素珍兼任市社会主义学院副院长。

　　2003年11月24日-28日，开办第一期厅局级干部学习“三个代表”培训班。

　　2003年12月，陈二加任常务副校（院）长。

　　2004年3月7日-18日，开办西藏米林地区领导干部福厦培训班。

　　2004年8月，举办全市纪念邓小平诞辰100周年理论研讨会。

　　2004年9月20日-26日，开办新疆自治区县乡镇长培训班。

　　2004年9月，尹彦的专著《列宁时期的党内民主》获得全国党校系统第五届优秀科研成果一等奖。

　　2004年11月，汇编的《“三个代表”重要思想研究文集》由厦门大学出版社出版。

　　2005年3月9日至18日，中欧公共管理项目“机构和人员测评”培训班（厦门）在校（院）举办。

　　2005年5月18日，彭心安的课题《社会阶层分化与党的执政基础》获得国家社科基金立项。

　　2005年5月18日-20日，开办厅局级干部科学发展观培训班。

　　2005年6月24日-25日，开办全市驻村工作队队员培训班。

　　2005年7月7日，开办全市征地拆迁专题研讨班。

　　2005年9月，根据“三定”方案，对内设机构进行调整，撤销财务处，职能并入总务处。撤销理论研究室，《厦门特区党校学报》编辑部由科研处兼办，理论研究室科研人员除1人留在编辑部，其余按照专业配置到教研教辅部门。原教研部改为教研室，撤销政治教研部、基础课教研部，增设党史党建教研室、政治学教研室、哲学教研室、法学教研室、统战理论教研室。原行政管理教研部改为公共管理教研室，政治处更名为组织人事处，学员管理处更名为学员工作处。图书资料情报中心更名为图书馆，电教中心更名为网络信息中心。

　　2005年12月23日至24日，全市党校系统“构建社会主义和谐社会与厦门跨越式发展”理论研讨会在翔安区马塘村召开。